Ere cosmic année 102, plusieurs années ont passé depuis que le traité de paix fut signé. Le monde semble allez dans le bon sens, ou est-ce seulement le calme avant la tempête...
Les anciens soldat de LOGOS affecté par la guerre, voulant que leur enfants prennent leur suite. Les enfants refusant de faire plus d'horreurs les anciens soldats refusèrent de les forcer.
Les anciens partisans de Patrick Zala, eurent cette même idées, des vidéos montrant, les horreurs faits par les naturelles. Certains enfant prirent part et rejoignirent une organisation.
Cette organisation fut découvert par Lacus Clyne, qui fit arrêter les principaux membres.
Washington eut vent de cette arrestations, LOGOS aussi. LOGOS avec l'aide de l'alliance terrienne fabriquèrent des nouveaux Mobile Suit, c'est mobile suit étant une "sécurité".
Lacus Clyne trouva refuge sur Orb, ou son ancienne amie, et soeur de son époux Cagalli Yula Attha l'accueillit et la cacha. Orb n'étant pas au courant des action de LOGOS.
Pendant ce tans Plants, se trouva sans président de nouvelles élections furent proposés pour éviter que Plants deviennent vulnérable.
Le plus haut général et mieux grader Shinn Asuka (agés de 46ans) prit le contrôle de Plants. Croyant une menace de LOGOS, il fit construire des MS.
L'Union Européenne, et l'Asie, refusèrent de s impliquer dans les fabrication des Etats américains. Ils prirent leur indépendance. Cette indépendance ne dura que quelques jours, devant la puissance de Plants, il se rattacherons de nouveaux a l'EAF.
La guerre semble repartirent.Plants as actuellement pour président, Shinn Asuka est au pouvoir. Un mystérieux homme apprit la tête de LOGOS, il porte le nom de Ichihebi Takaryu. Orb est actuellement neutre, et n'est au courant d'aucune bataille. Cagalli Yula Attha est a la présidence. Lacus Clyne a reprit les rennes de la faction Clyne.
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Les personnages principaux des séries Gundam Seed et Gundam Seed Destiny, sont plus âgés, si vous voulez les jouez il faudra faire preuve de maturité , un homme de 46 ans ne réagit pas comme un gosse de 16.